Kontinuální Burzovní Obchodní Systém je založen na principu průběžného uzavírání obchodů v závislosti na okamžité nabídce a poptávce po cenných papírech. Obchody v KOBOS jsou uzavírány na základě porovnání a spárování objednávek, které jsou obchodníkem přímo vkládány do KOBOS v reálném čase (v reálném čase probíhají obecně burzovní obchody s časovou prioritou). Obchodování v KOBOS navazuje v harmonogramu burzovního dne na obchodování při pevné ceně. Důvodem je skutečnost, že otevírací kurz v KOBOS je roven kurzu z obchodování při pevné ceně (fixing). Při uzavírání těchto burzovních obchodů je uplatňován princip cenové a následně časové priority, kdy při párování (uspokojování objednávek) rozhoduje jejich cena a v rámci ní čas vložení objednávky.